#GaiNagusiak

UPV/EHUko zenbait informatikari Biodonostiarekin lanean ari dira, esklerosi anizkoitza iragartzen lagundu dezaketen markatzaileen bila

Noiz argitaratua: 11/01/25 | Kategoria: Ikerketa | Gaiak: #Orokorrak #Biziaren zientziak #Osasuna #Teknologia #Informatika
 José Antonio Lozano, Borja Calvo eta Iñaki Inza, UPV/EHUko Informatika Fakultatean.

UPV/EHUko Informatika Fakultatean du egoitza Sistema Adimenduen Taldeak, eta algoritmoen erabilerarekin eta aplikazioarekin zerikusia duen hainbat proiektutan dihardute. Esaterako, antxoaren biomasa balioztatzen eta iragartzen lagundu dute, datuen analisiaren bitartez eredu deskribatzaileak eraiki baitituzte. Eta hiri bateko zaborra biltzeko ibilgailuentzat ibilbide eraginkorrena zein den ere ezarri ahal izango lukete, optimizazioan oinarritutako tekniken bidez. Eta kalkulu-lanetarako darabiltzaten konputagailuen erantzun-tartea murrizten ere saiatzen dira, High Performance Computing (errendimendu handiko konputazioa) izeneko alorraren bitartez.

Gaixotasun batzuk hobeki ulertzen ere lagun dezakete algoritmoek, bai eta haien diagnostikoarekin eta pronostikoarekin zerikusia duten biomarkatzaileak aurkitzen ere. Horixe da, bioinformatikaren egitekoen artean, gakoetako bat. Hain zuzen ere, Sistema Adimenduen Taldeko lau kide (José Antonio Lozano taldeburua, Borja Calvo, Iñaki Inza eta Ruben Armañanzas, azken hori gaur egun Madrilgo Unibertsitate Politeknikoan badago ere) Biodonostiaren ohiko kolaboratzaileak dira; Biodonostia osasun-ikerketarako EAEn zabaldutako lehen institutua da, eta joan den azaroan inauguratu zuten. Inzak azaldu duenez, “haiek (Biodonostia) biomarkatzaileen bilaketari dagokion arazo bat dutenean, hau da, oinarri gisa datu-masa handia dutela-eta diagnostiko eta pronostikorako eredu bat egiteari buruzko arazoren bat dutenean, gugana jotzen dute”.

Esklerosi anizkoitza

Biodonostian, Adolfo López de Muniainek zuzendutako neurozientzien alorreko ikertzaileek agertu dute interes handiena informatikariok garatutako erremintak erabiltzeko. Elkarlanean aritu dira parkinsonarekin, dementzia frontal-tenporalarekin eta gihar-distrofiarekin zerikusia duten ikerketetan. Hala ere, Inzak azaldu bezala, “oraingoz, esklerosi anizkoitzarekin izan ditugu fruiturik nabarmenenak. Artikulu bat argitaratu dugu atzerriko aldizkari batean (AEBko Public Library of Science edo PLoS ONE aldizkarian, 2009an), eta patente bat abian dute Osakidetzak eta UPV/EHUk”.

“Esklerosi anizkoitzaren biomarkatzaileak aurkitzen dituztenei Nobel Saria emango diete”, dio Inzak berak, erronka hori gainditzea zer zaila den nabarmendu nahian. Baina, gutxienez, uste dute norabide zuzenean ari direla lanean. Borja Calvoren arabera, Biodonostiako ikertzaileek susmoa zuten mikroRNA izeneko molekula batzuek esklerosi anizkoitzarekin zerikusia zutela, edo biomarkatzaile gisa baliagarriak izan zitezkeela; horregatik, laginak hartu eta espresio-mailak aztertu zituzten. Orduantxe sartu zen bioinformatika jokoan: “Datu horiek sortu zituzten, eman egin zizkiguten, eta sailkatze-eredu bat eraikitzen saiatu ginen gu. Espresio-mailak txertatuta, eredu horrek gai izan behar zuen iragartzeko gaixotasunik ba ote zegoen, edo gaitza zer fasetan zegoen”. Emaitzak nahiko onak izan ziren: “Ereduek nahiko ondo iragarri zuten gaixotasuna, eta, hortik abiatuta, hainbat balioztatze-faseri ekin diogu”.

Eta nola bihurtzen dira geneak zenbaki? DNA-txipak dira gakoetako bat; esku-azpia baino txikiagoa bada ere, gailu horrek gizakiaren gene ezagun guztiak gordetzen ditu, sintetizatuta. “Hemen (txipean) atzean pertsona baten gorputz-laginaren DNA txertatzen denean, gene bakoitza dagokion zulotxora doa”, dio Inzak. Orduan, zulotxo horien arabera banatutako koloretako irudiak lortzen dituzte. Kolore horiek zera ordezkatzen dute, “intentsitate-mailak, eta proportzionalak dira gene horietako bakoitzaren espresio-mailarekiko. Hori zenbakitara itzultzen da gero”. José Antonio Lozanok gaineratu duenez, “zenbakiek fluoreszentzia-mailak irudikatzen dituzte, seinalearen intentsitatea”. Zenbakiok eskuratutakoan ekiten diote lanari eredu informatikoek.

Aldaketak ikertzeko moduan

Hamarkada bat ere ez da oraindik DNA-txipak maiz erabiltzen hasi zirela, bioinformatikaren loraldiarekin batera. Inzak azaldu du giza genomaren proiektuak eman ziola bultzada nagusia diziplina horri, eta gainera, neurri batean biologoen eta medikuen lan egiteko eta ikertzeko modua aldarazten ari dela: “Datu biologikoak masiboki biltzeko teknika ugari garatu zituzten. Lehen biologo batek gene bakar baten espresio-maila lortzeko behar zuen tarte berberean, orain, ezagutzen ditugun ia gene guztienak lor ditzake”.

Horrenbestez, bioinformatikari esker, gene bakar batean urteak xahutzeari utzi diote ikertzaileek, eta ikerketari heltzeko modua aldatu du horrek. Calvok azaldu duenez, “orain, hipotesi jakin bat izanik ere, datuen bilketa oso orokorra da. Gene jakin bat inplikatuta zegoela, horixe izango zen hipotesia lehen. Orain, aldiz, generen bat dagoela inplikatuta, besterik gabe. Lehen askoz ere zailagoa zen asmatzea, gene bakarraren alde egiten baitzen apustu”. Orain, beraz, lasto artean bila aritu behar da, orratzarekin topo egin arte. “Horretarako gaude gu hemen, mendia sasiz garbitzeko”, bukatu du Inzak.

Informazio osagarria

  • José Antonio Lozano, Borja Calvo eta Iñaki Inza, UPV/EHUko Informatika Fakultatean., Amaia Portugal
  • DNA-txip bat., Amaia Portugal
Komunikazio Bulegoa

Egilea: Komunikazio Bulegoa (UPV/EHU)

Laguntzailea: